本政府在1947年根据《地方自治法》将全国分成47个一级行政区，称为“都道府县”，分别为一都、一道、二府、四十三县。部分市因人口较多，在当地影响较大，而被指定为政令指定都市、中核市、特例市。截止到2013年4月1日，日本全国共有20个政令指定都市、42个中核市和40个特例市。都道府县下的行政区划为市町，此外还有郡、支厅、区、特别区等行政单位。根据地理与人文、经济特征，日本通常被分为八大区域，包括北海道地方、东北地方、关东地方、中部地方、近畿地方、中国地方、四国地方和九州及冲绳地方。

日本自1888年起逐步实行市町村合并政策，町村数目大量减少[200]。踏入21世纪，为增进地方分权，政府开始检讨废除都道府县，改实行道州制的必要性，引起日本道州制议论。1968年，日本自治省导入了地方公共团体编号制度，目前全日本的都道府县与各市町村均有自己的编号，编号与ISO 3166-2:JP符合。